ということは

原因1、餌のやりスギ→水質が悪くなる、メダカの消化器官にダメージを与えていた。
原因2、購入したメダカのため、野生のメダカより弱い(生き残り率が最初から低い)
原因3、メダカの隠れるところが少ない? 水草はあるが、隠れるところが少ないのでストレスになっていたかも
原因4、ろ過水の水流が強すぎた。メダカは泳魚力があまり無いので水流はあまり作らないほうがいい。ガラスの壁などにぶつかって弱ったり死んだりする。

結論:あんまりいじりすぎないほうがいい。水を変え過ぎたり、餌をやりすぎたり、びっくりさせたり、余計なオブジェを水槽に入れたりしないこと。見るときは遠くから静かに観察。びっくりさせない。
結論2:放置プレイ